Departemen Perikanan didirikan pada tahun 1963 atas prakarsa Prof. Ir Soedarsono Hadisapoetro, selaku Dekan Fakultas Pertanian UGM dan Prof. Ir. Haryono Danusastro serta Ir. RM. Tejoyuwono Notohadiprawiro, dengan pengurus departemen Bapak R.S. Atmohardjono dibantu oleh Dr. Ir. Bambang Soebiantoro, M.Sc. Pada waktu itu Departemen Perikanan bertempat di gedung Fakultas Pertanian di Sekip. Pada bulan Maret tahun 1984 Departemen Perikanan pindah ke Bulaksumur. Pada saat ini Departemen Perikanan mempunyai tiga Program Studi yaitu: Akuakultur, Manajemen Sumberdaya Akuatik, dan Teknologi Hasil Perikanan. Mengingat potensi sumberdaya perikanan di Indonesia yang sangat besar dan peranan subsektor perikanan yang semakin penting dalam Pembangunan Nasional, maka status Departemen Perikanan akan ditingkatkan menjadi Fakultas Perikanan. Persiapan pendirian Fakultas ini terus dilakukan.