Departemen Perikanan didirikan pada tahun 1963 atas prakarsa Prof. Ir. Soedarsono Hadisapoetro, selaku Dekan Fakultas Pertanian UGM, dan Prof. Ir. Harjono Danoesastro dan Ir. RM. Tejoyuwono Notohadiprawiro, dengan pimpinan jurusan oleh Bpk. R.S. Atmohardjono, dibantu oleh Dr. Ir. Bambang Soebiantoro, M.Si. Saat itu Jurusan Perikanan bertempat di gedung Fakultas Pertanian di Sekip. Pada bulan Maret 1984, Departemen Perikanan pindah ke Bulaksumur.
Saat ini Departemen Perikanan memiliki tiga program studi, yaitu: Budidaya Perairan, Pengelolaan Sumberdaya Perairan, dan Teknologi Hasil Ikan. Mengingat potensi sumber daya perikanan yang sangat besar di Indonesia dan semakin pentingnya peran subsektor perikanan dalam pembangunan nasional, maka Departemen Perikanan akan ditingkatkan statusnya menjadi Fakultas Perikanan. Persiapan pendirian Fakultas terus dilakukan.
